BRĪDINĀJUMS: Šajā rakstā ir ietverti Pagājušās dienas .
Pēc aptuveni 40 stundu ilgas spēles, lai pabeigtu galveno stāstu, daudzi spēlētāji noliks savus kontrolierus malā un aizies Pagājušās dienas uz labu . Cits sāks izveidot pilnīgi jaunu saglabāšanas failu. Tomēr tie, kas turpina spēlēt pēc kredītreitinga, tiks apbalvoti ar slepenām beigām, kurai ir milzīgas atziņas.
Kad pēdējā misija ir beigusies un Wizard Island ir iznīcināta, spēles atvērtās pasaules karte joprojām ir pieejama klaiņošanai. No turienes spēlētāji var pabeigt visus atlikušos blakus mērķus, piemēram, Freaker Hordes vai NERO pētījumu vietnes. Pēc kāda laika spēlētājs saņems radio ziņojumu no NERO pētnieka Džeimsa O'Briana, kurš lūgs spēlētājam viņu satikt.
Kad galvenais varonis diakons Sentdžonss vecajos kapos satiekas ar O'Brianu, lietas kļūst malkas. Prologā spēlētājs satiekas ar O'Brianu, kurš valkā pilna ķermeņa hazmat kostīmu un ķiveri ar caurspīdīgu ekrānu. Šeit viņa seja ir redzama. Tomēr visā atlikušajā spēles laikā O’Briana maska ir nokrāsota, kas nozīmē, ka Dēks neredz viņa seju.
Iemesls tam atklājas tikai slepeno beigu scenārijā: O'Brians ir inficēts. Beidzot viņš novelk masku, lai atklātu viltīgu, asinsvadu veidojumu, kā rezultātā Diakons atgrūžas. O'Brians paskaidro, ka vīruss, kas radīja Freakers, strauji attīstās, un tagad tas ir stadijā, kad tas var iebrukt neinficētu cilvēku limfātiskajā sistēmā (kas palīdz aizsargāt ķermeni no slimībām un infekcijām). Viņš arī atklāj, ka NERO augstākstāvošie cilvēki par to zina jau kādu laiku, un brīdina Diakonu, ka viņi nāk. O'Brians pamet, ar necilvēcīgu spēku un veiklību ielecot gaisa helikopterā.
Šis izcilais notikums parāda, ka šis jaunais vīrusa celms rada pilnīgi jaunu Freaker formu, kas uztur cilvēka kognitīvās funkcijas, bet piemīt to būtņu spēks, ātrums un agresija, kuras Diakons visā cīņā apkaro. Pagājušās dienas . Patiesībā vairākos šīs ainas punktos O'Briana ķermenis izdara šķietami neviļus raušanos, un viņš pat atvainojas, sperot vairākus soļus Deeka virzienā. Lai gan tas nekad nav skaidri norādīts, šķiet, ka O'Brians pretojas bioloģiskajai uzbrukuma vēlmei, ko izraisījis vīruss.
Skaidrs, ka šīs ainas mērķis bija atstāt durvis vaļā a Pagājušās dienas turpinājums, kaut kas tāds, kas tagad izskatās, ka tas nekad nenotiks. Tā vietā, lai optimistiski beigtu Deeka iziešanu saulrietā kopā ar Sāru, šis pagrieziens spēli pabeidza uz tumšākas, draudīgākas nots. Jaunā Freaker forma, kas ieviesta caur O'Brianu, otrajā spēlē būtu radījusi milzīgu ienaidnieku, kas noteikti būtu sekojis Diakona centieniem atklāt patiesību par NERO saikni ar vīrusu.
Ir vērts to atzīmēt, kaut arī NERO iezīmes ir redzamas Pagājušās dienas , Diakons patiesībā nekad necīnās pret viņiem. Misijās, kurās viņi piedalās, Deeks var tikai ložņāt ap karavīriem un pētniekiem, jo spēle skaidri parāda, ka viņu uzvalki ir pārāk stiprināti, lai viņš varētu izgriezt vai izšaut. Turpinājums, visticamāk, būtu padarījis NERO par galveno antagonistu, Diakonam un kompānijai ar viņiem jāsaskaras ar aci. Tomēr pašreizējā situācijā tas ir stāsts, kas paliks nepateikts.
